Gluten verhoogt de ontsteking en de doorlaatbaarheid van de darmen. Als gevolg hiervan kunnen de symptomen van glutenovergevoeligheid onder andere concentratieproblemen, depressie , angst , slapeloosheid en vermoeidheid zijn . Sommige mensen met glutenintolerantie ervaren prikkelbaarheid en het gevoel dat ze snel de draad kwijtraken en zich slecht kunnen concentreren.
Uit een onderzoek is gebleken dat mensen met glutenintolerantie gevoeliger zijn voor migraine dan anderen. De oorzaken van hoofdpijn kunnen sterk uiteenlopen. Iemand met een glutenallergie kan 30 tot 60 minuten na het eten hoofdpijn krijgen.